婴幼儿发育关键期肠道微生物失调会增加自闭症的风险，并通过神经内分泌、免疫、代谢产物途径影响儿童自闭症的发展，比如肠道通透性、免疫系统以及代谢。人体肠道菌群构成的差异可能会使他们易感自闭症环境风险因素，比如对能扰乱免疫系统功能的环境因素敏感性增加。
研究发现，与正常组相比，自闭症组拟杆菌门相对丰度降低，拟杄菌/厚壁菌比率降低，乳酸菌和脱硫菌数量升高，且脱硫弧菌数量与自闭症的严重程度呈正相关。
胃肠道症状是自闭症常见的并发症，胃食管反流、便秘、胀气、腹痛、腹泻、呕吐和营养不良等是患儿常见的消化道症状，这些胃肠道表现与微生物菌群失调有关。
研究发现，自闭症儿童发生这些症状时，更容易出现易怒、孤僻、刻板印象和多动的问题。儿童自闭症的严重程度与胃肠道症状的严重程度呈正相关。患儿常见的症状如强迫行为、破坏性行为、饮食及睡眠异常都与胃肠道疾病有关。
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